操作指南

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                              整體胚胎原位雜交實驗步驟
                              作者: 發布于:2019/5/3 9:04:27 點擊量:

                              動物胚胎原位雜交實驗步驟

                              一、本原位雜交實驗步驟適合:

                              (1)非洲爪蟾,線蟲,小鼠胚胎,小昆蟲、果蠅等

                              (2)應用范圍:

                              整體原位雜交,胚胎原位雜交,RNA探針,DNA探針,NBT/BCIP,二抗顯色;

                              (3)需要的耗材:透明可立玻璃瓶2.5mL24孔板(外顯子生物科供),1.5ml離心管,10ml離心管,15ml離心管,槍頭,封口膜,FISH封片膠、FISH鉆石筆(外顯子生物可供)。

                              4)需要的設備:烤箱,原位雜交儀(外顯子生物,型號:E3083200元)或型號:EB405,3200元、2.5萬);雙孔水浴鍋;

                              二、動物胚胎固定

                              1.取材: 按照正常胚胎取材,如冰箱冷凍的標本,則需要固定前使用2.5%半胱氨酸(pH 8.0)(具體貨號請見參考目錄)對胚胎進行去凍。使用細鑷子在固定之前移除胚胎包膜。具體方法:用玻璃巴斯德管或剪去一部分的槍頭轉移胚胎,用酒精燈的火焰熔化鋒利的邊緣,以減輕傷害胚胎,以便拾取胚胎。

                              注意:1)使玻璃移液管注意溫度,避免灼傷胚胎;(2)標本過老或放置過久,會出現背景;(3)標本過大,可用針穿刺,使得探針或染料充分進入;(4) 可以將標本放入無水乙醇,標本變硬,切成兩份。

                              2. 標本固定:

                              1)準備上述雜交瓶或24孔板,用于胚胎固定。 這些樣品瓶可用最終標本的儲存。透明小瓶最好,可觀察胚胎。 使用鉆石筆或油性Maker標記筆標記小瓶,用透明膠帶覆蓋標簽,接觸的醇和其他溶劑會導致標記物筆跡的消失。

                              2) 配制或購買:用Mempfa修復固定胚胎(具體貨號和配方見后面參考目錄);4%多聚甲醛配制(具體貨號請見參考目錄)。

                              3)配置Mempfa固定溶液, 確保多聚甲醛的最終工作濃度為4%。 將其他溶液的所有組分儲存在2-8℃。用移液管或槍頭將胚胎添加到已填充有約3-4mL Mempfa溶液的璃瓶中來固定胚胎。 每個小瓶固放置胚胎數量根據大小調整。 Mempfa溶液中的胚胎在室溫下固定2小時或在4℃下固定過夜。

                              注意事項:1)對于晚期內胚層結構,在分離的腸和內胚層衍生物上進行固定,便于探針的穿透且避免腔染色。2)在-20℃下儲存100%甲醇溶液。多聚甲醛固定后, 用約4毫升-20,100%甲醇替換Mempfa溶液,用于儲存胚胎。3)加入甲醇后旋轉小瓶以防止胚胎粘在玻璃或其他胚胎上。 另外,確保小瓶密封,甲醇會隨著時間的推移在冷凍室中蒸發。4)胚胎可以在染色前在甲醇中儲存至少一年,不影響原位雜交結果。

                              4)具體步驟:

                              1. 水化胚胎:75%, 50%, 25% 甲醇/PBS-T,可以在合適的離心管。洗滌一次PBS-T。以上每步均是5分鐘。

                              2. 蛋白消化: 10 μg/mL 蛋白酶K/ PBS-T (目錄中的蛋白酶K20mg/ml

                              1)胚齡胎齡 6.5-7.5 d的消化5分鐘; 8.5天的消化 10 min;9.5天的消化15 min. 10.5天的消化 20 min. 2)其他組織:可以用0.5 μg/mL的蛋白酶K處理 5 min。3)組織的厚度和硬度適當調整消化程度。4)薄的組織和疏松組織,可以不用蛋白酶K消化。

                              3.停止消化:

                              4% paraformaldehyde/0.1% glutaraldehyde 溶液浸泡20分鐘。

                              4.失活蛋白酶K:加入適量的2 mg/mL glycine/PBS-T(參見目錄)。

                              5.洗滌洗滌胚胎:

                              PBS-T中一次,5分鐘。 再用1:1 PBST/雜交液(貨號參見目錄)洗滌一次。

                              6. 徹底洗滌: 利用胚胎雜交液再次洗滌一次。

                              7. 放入新的 雜交液, 孵育1-24 h,溫度 65°C-70°C。如果停止實驗,此步驟可以放置-20°C存放。

                              8. 探針雜交:探針濃度0.1-1 μg/mLDIG-labeled RNA probe或其他探針(外顯子生物提供制備服務),雜交 65-70. 12-48,搖動孵育。

                              二、探針的制備

                              1.使用1-2μg模板RNA制備地高辛(Dig)標記的探針或其他探針。 制備:用含有目的基因的載體,限制酶切割,含T3 T7U6啟動子酶反轉錄產生反義探針和正義探針。也可以從外顯子生物購買探針直接解決問題。

                              2.探針合成制備的反應,探針標記溫度37℃條件下時間不超過2小時。反應具體內容請參考相關資料或咨詢我們。 最后在高鹽和冷凍條件下沉淀RNA探針。

                              3. 孵育2小時后,在轉錄反應中加入1μL DNAseIRNAse free grade),并在37℃下再孵育10分鐘以消除模板DNA。

                              4.制作瓊脂糖凝膠,測試探針的濃度和純度。

                              1) 取出1μL反應混合物,檢查1%瓊脂糖-TAE凝膠,剩下的(19μl)加入80μl1SDSTE緩沖液(10mM Tris pH8.0,1mM EDTA), 10μl 5M 醋酸和220μl冷乙醇。 劇烈渦旋混合物并置于冰上,待RNA質量檢查結果出來,決定下一步。

                              2)在1%瓊脂糖-TAE凝膠上沉淀之前,吸取1μlRNA。向RNA中加入4-5μl水和1μl標準上樣染料。 使用UV光透射儀在凝膠上觀察RNA,檢查探針質量。

                              3) 如果質量可以,微量離心機中高速離心探針,15分鐘,沉淀留在冰上的剩余RNA,吸出上清液,讓其短暫干燥。

                              41mL RNA雜交緩沖液,重懸探針。 渦旋并將管短暫加熱至37℃,離心, 將探針轉移到15ml螺旋蓋管中,用RNA雜交緩沖液填充至7-10ml。

                              注意:探針可以進一步稀釋(稀釋10倍仍然可以)通常導致背景低,但染色反應也需要更長時間。

                              三、原位雜交

                              1. 取出儲存在-20℃甲醇中的胚胎,至室溫。

                              1)水化胚胎: 將胚胎再水化,準備添加探針。 每次更換液體,旋轉胚胎以確保它們不會粘附, 轉移液體時,檢查蓋子內部以確保胚胎沒有被粘附。

                              2) 將雜交液體加入瓶內含探針),65℃預熱RNA雜交緩沖液和探針,胚胎雜交過夜。

                              2. 倒出探針溶液,將使用過的探針,放在15毫升試管中,標記日期和探針使用次數,溫度為-20℃,可以反復利用。

                               3.洗滌:探針倒出后,進行一系列洗滌,將準備對胚胎上的探針進行抗體染色。(第二天 雜交后洗滌,用預熱的雜交液洗滌兩次,溫度:65-70℃,更換液體即可。 更換新的離心管,將封閉液體導入其中,放入胚胎。5min后,再更換一次。用1:1 hybridization mix/MABT孵育5min。用MABT孵育15 min。室溫MABT/2% blocking 孵育1-2小時。在4℃,孵育二抗過夜,或室溫至少4小時,抗體12000稀釋。)

                              4.胚胎在MAB + HTSS + BR(參見目錄貨號)阻斷溶液中孵育后,加入適當體積的MAB + HTSS + BR +Dig抗體。

                              5. 二抗體孵育過夜:去抗體洗滌,將胚胎轉移到MABT溶液,1.5小時更換溶液,3-5次。MABT溶液浸泡胚胎過夜,低溫最好。進行至少1230分鐘的洗滌 ,減少背景。使用TBT溶液進行洗滌步驟。

                              6. 用堿性磷酸酶底物溶液替換洗滌溶液(一定用堿性溶液,參見目錄)。AP顯色,37℃條件下進行。也可4-8℃條件下,顯色 1-4 天。直到背景出現。當顏色合適的時候,利用PBS-T洗滌至少兩次,5分鐘每次,然后 4% PFA/0.1% glutaraldehyde/PBS-T 固定2小時室溫。標本可以放置: 4°C,PBS-T 包含 0.1% 疊氮鈉的溶液中(參見目錄貨號)。

                              注意:在37℃下染色更快,如果放置過夜,會導致不可接受的背景染色。染色反應通常需要過夜染色,室溫對此最安全。

                              顯色注意事項:1BM紫色溶液呈藍色,則用新鮮的BM Purple替換染色溶液并將管放37℃。如果靶mRNA非常豐富,將胚胎置于4℃的染色溶液中過夜,然后將胚胎移至室溫或37℃,以更好地檢測染色反應。2)不同靶RNA之間的最終結果時間差異很大。為保持一致性,當孵育時間較長時沒有新的變化時,停止染色反應。重要的是,對照胚胎之間用相同的時間進行顏色反應。3) 通過FISH顯色終止液停止染色,準備胚胎儲存和拍照,不要在此階段搖動胚胎。注意:胚胎通常是淡藍色陽性信號,冷甲醇可以少部分地除去染色溶液,不能去除重的背景或腔染色。冷甲醇是指保存在-20℃冰箱中的甲醇。4)將胚胎再水化并用Mempfa固定。固定后,取出Mempfa并用25%甲醇洗滌胚胎。5)去除內源性色素,則除去25%甲醇并加入內源性酶AP去除溶液(參見目錄)。仔細觀察漂白可以根據不同的效果而變化。6)將胚胎通過甲醇系列脫水至100%甲醇,轉移至PBS進行短期和拍照。

                              四、胚胎成像

                              1)胚胎染色后,對胚胎進行成像處理,獲得目的基因的表達,可以使用1%瓊脂糖作為背景來觀察。注意:瓊脂糖呈現灰色背景,與胚胎和染色反應的藍色形成鮮明對比。

                              2)將瓊脂糖加入水中,然后煮沸直至瓊脂糖溶解,然后冷卻至50℃,然后倒入培養皿中。與TAE凝膠溶液一樣,將瓊脂糖溶液儲存在55℃的培養箱中可多次使用。

                              3)將甲醇儲存標本再水化成水溶液(PBS),將胚胎放入培養皿中加入瓊脂糖。保持溶液清潔,如果需要,簡單的濾網過濾消除小顆粒,解決圖像清晰背景的問題。

                              4)為了從其他的角度(如腹側)對胚胎進行拍照,在瓊脂糖中切出薄的通道,使用細鑷子將胚胎放入胚胎中并將胚胎置于這些通道中進行定向。 小心操縱胚胎,它們容易受損。

                              注意:每個階段有獨特的位置,放入溶液時會有特征位置。例如,囊胚期胚胎傾向于把動物放在一邊。一旦胚胎開始伸長,它們就會側臥(外顯子生物提供提示體式顯微鏡拍照服務)。

                              2. 使用體式顯微鏡角度照射胚胎,胚胎上形成陰影,為圖像提供深度并幫助識別表面結構。

                              3. 將胚胎背景清除,以便對胚胎深處進行染色成像。例如脊索,肺或大腦區域。為此,將胚胎通過甲醇系列直至100%甲醇。(1)完全浸入甲醇后,將胚胎轉移至一份苯甲醇和兩份苯甲酸芐酯(BABB)的溶液中。胚胎最初漂浮在表面上,但當甲醇與BABB混合時,它們會沉入BABB。在玻璃瓶中處理BABB的每一步; BABB會熔化任何塑料或油漆。(2)清除后,用來自胚胎下方的透射光觀察胚胎。調整光線強度以及從下方開始的角度,以提高對比度和最佳色彩。(3)當觀察清除的胚胎時,將玻璃培養皿從基部上抬起。通過簡單地使用另外兩個培養皿蓋來提升它,以便使具有胚胎的培養皿區域升高(外顯子生物提供提示體式顯微鏡拍照服務)。注意:這樣做的好處是消除顯微鏡底座上可能干擾圖像的瑕疵或污漬的干擾。

                              胚胎常見溶液的配制:

                              14%多聚甲醛;Paraformaldehyde(外顯子生物有售)

                              水浴鍋加熱至50-60℃,溶解多聚甲醛。加入1-310N NaOH或直至pH約為7.5pH試紙即可)。 多聚甲醛毒性很大,因此在通風櫥中產生原液。 一旦多聚甲醛處于溶液中,將溶液通過Whatman紙過濾到新鮮容器中,加H2O補齊最終體積。一般多聚甲醛溶液在4℃下保存1-2周。

                              2PBS-T (PBS with 0.5% Tween 20) (外顯子生物有售,粉末或溶液);

                              3Methanol (25%, 50%, and 75%) in PBS-T(外顯子生物有售):

                              410% 原位雜交胚胎專用封閉液(外顯子生物有售,pH7.5);

                              3)固定液Glutaraldehyde (25%), 室溫(外顯子生物有售);

                               

                              1 胚胎溶液目錄配方

                              貨號

                              試劑名稱

                              濃度

                              規格

                              價格

                              備注

                              PF0005

                              2.5%半胱氨酸

                              2.5

                              100ml

                              50.00

                               

                              PF0010

                              10N NaOH

                              10N

                              10ml

                              50.00

                               

                              PF0012

                              Mempfa

                              10mM MgSO4

                              2M EGTA, pH 8.0

                              1mM  MOPS pH7.5

                              4% 多聚甲醛

                              100ml

                               

                              75.00

                               

                              PF0015

                              1M MgSO4

                              1M MgSO4

                              10ml

                              25.00

                               

                              PF0020

                              EGTA

                              20M EGTA, pH 8.0

                              50ml

                              50.00

                               

                              PF0025

                              MOPS

                              1M  MOPS pH7.5

                              100ml

                              75.00

                               

                              PF0030

                              4% 多聚甲醛

                              10%中性福爾馬林

                              250ml

                              25.00

                               

                              PF0035

                              TTW

                              50 mM Tris, pH 7.4

                              200 mM NaCl

                              0.1% Tween 20

                              500ml

                              50.00

                               

                              PF0040

                              MABMABT

                              100 mM 馬來酸

                              (1.16g/ml)

                              100ml

                              75.00

                               

                              PF0045

                              HTSS

                              4%熱處理羊血清

                              10ml

                              50.00

                               

                              PF0050

                              封閉液

                              2%阻斷試劑

                              100ml

                              60.00

                               

                              PF0055

                              MAB/HTSS/BR

                              100 mM 馬來酸 96ml

                              4%熱處理羊血清

                              2g阻斷劑

                              100ml

                              75.00

                               

                              PF0056

                              2%阻斷試劑

                               

                              10g

                              85.00

                               

                              PF0060

                              Dig 抗體

                              Anti-Dig-AP 1:5000

                              100μl

                              575.00

                               

                              PF0065

                              10×漂白液

                              3%H2O2

                              10ml

                              20.00

                               

                              PF0070

                              去離子甲酰胺

                              去離子甲酰胺

                              100ml

                              150.00

                               

                              PF0075

                              20×SSC

                              粉末或液體

                              500ml

                              150.00

                               

                              PF0080

                              堿性磷酸酶(AP)緩沖液

                              100 mM Tris, pH 9.5

                              50 mM MgCl2;100 mM NaCl; 0.1% Tween 20

                              100ml

                              75.00

                               

                              PF0085

                              胚胎清洗液-I

                              1/3苯甲醇

                              100ml

                              50.00

                               

                              PF0080

                              胚胎清洗液-II

                              2/3苯甲酸芐酯

                              100ml

                              100.00

                               

                              PF0090

                              Dig-NTP5×)

                              (40ul)

                              5ul 20mM CTP

                              5ul 20mM GTP

                              5ul 20mM ATP

                              3.25ul 20mMUTP

                              3.5ul10mM Dig-11-UTP 18.25ul H2O

                              40ul

                              525.00

                               

                              PF0100

                              反轉錄探針標記體系(Dig label,20ul

                              200 ul

                              200ul

                              500.00

                               

                              PF0102

                              超純水

                               

                              100ml

                              50.00

                               

                              PF0105

                              Dig-UTP

                              10mM

                              20ul

                              1500.00

                               

                              PF0105

                              Bio-UTP

                              10mM

                              20ul

                              1500.00

                               

                              PF0110

                              RNAse 抑制劑

                               

                              200ul

                              550.00

                               

                              PF0115

                              T3、T7、T6 RNA聚合酶

                              10X酶緩沖液

                              20ul

                              950.00

                               

                              PF0120

                              10% 疊氮鈉

                               

                              5mL

                              70.00

                               

                              PF0125

                              AP Buffer

                               

                              100ml

                              75.00

                               

                              PF0130

                              胚胎FISH雜交液

                               

                              100ml

                              275.00

                               

                              備注:外顯子公司提供各種基因的原位雜交探針、原位雜交相關試劑和儀器耗材。

                              2  相關溶液的使用說明

                              名稱

                              大概劑量

                              持續時間

                              溫度

                              100%甲醇

                              2ml

                              5min 搖勻

                              室溫

                              75%

                              2ml

                              5min 搖勻

                               

                              50%

                              2ml

                              5min 搖勻

                               

                              25%

                              2ml

                              5min 搖勻

                               

                              TTw

                              2ml

                              10min搖勻

                               

                              TTw

                              2ml

                              10min搖勻

                               

                              TTw

                              2ml

                              10min搖勻

                               

                              TTw

                              4ml

                              5 min搖勻

                               

                              TTw

                              4ml

                              5 min搖勻

                               

                              RNA雜交緩沖液

                              2ml

                              10min搖勻

                               

                              RNA雜交緩沖液

                              2ml

                              1h搖勻

                              65

                              探針

                              1ml

                              過夜,搖勻

                              65






                              3.AP Buffer(新鮮配制或從冰箱小包裝解封 (NTMT)

                              Reagent

                              Amount to add

                              Final concentration

                              5 M NaCl

                              4 mL

                              100 mM

                              1 M Tris-Cl (pH 9.5)

                              20 mL

                              100 mM

                              1 M MgCl2

                              10 mL

                              50 mM

                              Tween 20

                              2 mL

                              1%

                              H2O

                              to 200 mL

                               

                              備注:NTMT溶液  規格:100ml   價格:75.00,無菌, 貨號:PF0125

                              4.胚胎雜交Hybridization Buffer

                              試劑

                              終濃度

                              SSC

                              1.3X

                              EDTA (pH 8.0)

                              5 mM

                              Formamide

                              50% (v/v)

                              CHAPS

                              0.5% (w/v)

                              Heparin

                              100 μg/mL

                              Tween 20

                              0.2%

                              Yeast RNA

                              50 μg/mL

                              The hybridization mix can be stored at 20°C

                              備注:胚胎FISH雜交液液  規格:100ml  貨號:PF0130 價格:275.00,無菌。

                              5.MABT溶液

                              試劑

                              終濃度

                               

                              Maleic acid (pH 7.5)

                              100 mM

                               

                              NaCl

                              150 mM

                               

                              Tween 20

                              0.1% (v/v)

                               

                              備注:MABT溶液 貨號:PF0040,規格: 100ml  價格75元。

                               





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